A Pécsi Irgalmasrendi Kórház 1796-ban 12 ággyal kezdte meg működését. Az 1840-es évektől a kórház 24 ággyal rendelkezett és több, mint 400 beteget kezeltek évente. 60 évvel a kezdet után az ingyenes betegellátás a növekvő betegszámmal a kórházat anyagilag súlyos helyzetbe hozta, amikor egy vagyonos polgár, Szentmiklóssy János, alapítványával a kórház segítségére sietett. A felajánlás érdekessége, hogy a bécsi Szentmiklóssy, mint szegény rászoruló kapott ellátást-ápolást a kórházban, és az ott tapasztaltak késztették arra, hogy amikor már megtehette, jelentős támogatást nyújtson az eladósodott kórháznak. Objektívnek tűnő leírások szerint nem véletlen a kórházban szerzett maradandó jó benyomása, hiszen ebben az időben a "kórház" megjelölés többnyire a szegényházzal volt egyenlő, ugyanakkor Pécsett, az Irgalmasok Kórházában a fekvő- és járóbetegek a kornak megfelelő korszerű ellátást kapták ingyenesen, kellő tisztaság és elkülönítés mellett.

A századforduló körül 40 ággyal, sebészettel működött a kórház, jelentős járóbeteg-ellátással, 3 orvossal és fizetett ápoló személyzettel. 1924-ben, az Erzsébet Tudományegyetem Pécsre költözésével a kórház jelentősége csökkent az egyetemi klinikák meghatározó szerepe miatt. Később "világi" főorvos irányítása alatt mindaddig a Belgyógyászati Klinikával összehangoltan végezte munkáját, amíg egyetlen tollvonással nem államosították. Az intézménybe a II. számú Belgyógyászati és Sebészeti Klinikát telepítették.

1990-ben P. Dömötör Hilár fáradhatatlan munkája eredményeként - lehetőségként csillant fel az Pécsi Irgalmasrendi Kórház újraindítása, melyhez az alapot az 1992 évi tulajdonrendezés teremtette meg, majd egy 10 éves formális együttműködés következett az Egyetemmel, azzal együtt, hogy a rendház egy részét birtokba vehették a szerzetesek.